Rok 2000 BBY nie zapowiadał się ekscytująco. Republika od setek lat cieszyła się pokojem, rany zadane w dawnych wojnach nie tylko się zaleczyły, ale niewielu o nich pamiętało. Handel kwitł, a za sprawą nowoodkrytych szlaków nadprzestrzennych osadnicy zajmowali obszary do tej pory poza zasięgiem cywilizacji tamtych czasów. O Sithach nie słyszano od dawna i nikt nie traktował ich jako poważnego zagrożenia. Zakon Jedi urósł w siłę, odbudowawszy się po wyniszczających wojnach. Rycerze nie musieli być już żołnierzami, przyjęli rolę strażników i mediatorów.
Sielanka.
Odejście z ich szeregów Mistrza Phaniusa było przykrą i w pewnym sensie dotkliwą stratą, ale nikt nie spodziewał się, że zapoczątkuje to najdłuższą wojnę w historii Galaktyki i doprowadzi do powstania linii Sith, która niecałe dwa tysiące lat później obali Republikę i zapoczątkuje Imperium. Nikt z Jedi nie spodziewał się, że odejście tego konkretnego członka Zakonu doprowadzi do Czwartej Wielkiej Schizmy, a w rezultacie do Wojny Tysiącletniej. Phanius był znany ze swojej mądrości i charyzmy, a także ze swojej filozofii, która nie zgadzała się z kanonami Jedi. Mniej znane były jego dążenia do poznania nauk Ciemniej Strony Mocy. Z połączenia tych trzech czynników narodził się Darth Ruin, który nie tylko połączył rozproszone pozostałości Sithów, ale przeciągnął na swoją stronę liczne zastępy Jedi.
Pomimo, iż on sam nie utrzymał się zbyt długo przy władzy, wprawił w ruch wojenną maszynę, która rozkręcała się powoli, ale w rezultacie sprowadziła zagładę na dziesiątki planet i miliardy istot. Jeszcze za jego czasów Sithom udało się odzyskać większość starych terytoriów, włączając w to Ziost i Yavin 4.
Następne czterysta lat upłynęło pod znakiem mniejszych lub większych potyczek, które angażowały coraz większe siły Republiki, jako że front walk zdawał się coraz rozleglejszy. Jedi po raz kolejny musieli wrócić do roli żołnierzy, obejmując dowództwo nad jednostkami wojskowymi lub tworząc całe oddziały użytkowników Mocy. Najgorsze jednak miało się dopiero wydarzyć. Bitwa o Mizrę, w której brały udział liczne zastępy Lordów Sith, zakończyła się totalną klęską sił republikańskich. Nie tylko zginęło ponad pół miliona żołnierzy, ale także setki Jedi przeszło na stronę Sithów.
Ciężar wojny odczuwali również cywile. Korporacje upadały, handel międzyplanetarny zanikał. Holonet był dostępny tylko sektorom leżącym najbliżej Coruscant. Sektory Zewnętrznych Rubieży zostały pozostawione same sobie. Na domiar złego, zaraza kandoriańska dziesiątkowała ludzi na wielu planetach, często zabijając nawet 75% populacji.
Nowe Wojny Sithyjskie, jak również zwano Wojnę Tysiącletnią, były zlepkiem pomniejszych konfliktów. Jednym z nich są Wojny Siktyjskie, wywołane i prowadzone przez Mroczną Lady Sith, Belię Darzu. Trwały one blisko dwadzieścia lat i wyróżniły się użyciem tak zwanych Technobestii. Powstawały one na skutek mutacji wywołanej alchemicznie stworzonym wirusem, który zamieniał żywe organizmy w zombie-podobne hybrydy ludzko-droidowe. Konflikt zakończył się zwycięstwem Republiki, gdy Belia została zamordowana przez Zakon Mecrosa. Same technobestie zniknęły dopiero po zakończeniu tysiącletniego konfliktu.
Najbardziej znanym okresem Czasów Draggulch (kolejna nazwa Wojny Tysiącletniej) jest ostatnie sto lat walk. Historyczne źródła określają go jako Wojnę Światła i Ciemności lub Mroczne Wieki Republiki. Oprócz faktu, że Jedi byli zmuszeni rzucić do walki wszystkie swoje siły, włączając w to padawanów, którzy nie byli gotowi na takie zadania, społeczeństwo Republiki cierpiało ponad wszelką miarę. Zakon Jedi był niemalże całkowicie zmilitaryzowany, a Senat pod nieustanną władzą Kanclerza od blisko sześciuset lat. Kanclerzami zostawali tylko i wyłącznie Jedi. Nie wpłynęło to dobrze na ich wizerunek, którego odbudowanie zajmie im wieki (dosłownie).
Ostatnie bitwy tego długiego konfliktu zostały rozegrane przez Bractwo Ciemności Lorda Kaana i Armię Światła Lorda Hotha. Walki toczyły się na wielu planetach, a szale zwycięstwa przechylały się raz w jedną stronę, raz w drugą. Sithowie odnieśli spektakularne zwycięstwo na Korriban, gdzie setki Jedi zostały całkowicie unicestwione, a Kaan wskrzesił Akademię Sith.
Tak długa wojna negatywnie wpłynęła również na Sithów. Przestali być zdobywcami a stali się żołnierzami. Nie myśleli już jak istoty nadrzędne poprzez swoją absolutną władzę w Mocy, tylko jak generałowie armii czy politycy. Podobnie jak Jedi, Sithowie również zapominali, o co walczą i jaki był cel wojny rozpoczętej przez Dartha Ruina. Tak było do czasu pojawienia się Dartha Bane’a. On jako pierwszy zdał sobie sprawę z tego, że wojna totalna z Republiką nie ma sensu. Zauważał, że tyle samo Sithów umiera wskutek wewnętrznych konfliktów, co w walkach z Jedi. Wiedział, że by wygrać wojnę totalną, należy stosować rozwiązania absolutne. Nie należy szukać żołnierzy wroga w lesie, należy spalić las.
Można powiedzieć, iż w pewnym sensie to on „wygrał” wojnę dla Republiki. Zakończył konflikt anihilując całe Bractwo Ciemności i większość dowództwa Armii Światła. Sprawił, iż Republika uwierzyła w zwycięstwo i to, że Sithowie raz na zawsze zostali pokonani. Uwierzono w to tak mocno, że gdy prawda wyszła na jaw, było już za późno.
Jakie były skutki tego konfliktu?
Policzenie strat materialnych i osobowych było niemożliwe. Handel upadł, olbrzymie korporacje zbankrutowały. Rząd Republiki utracił zaufanie albo ze względu na niemożność obrony wszystkich swoich terytoriów w czasie wojny, albo poprzez bycie zdominowanym przez Zakon Jedi. Oczywiście wszystko to dało się odbudować. Powstały nowe koncerny, szlaki nadprzestrzenne zapełniły się statkami handlowymi. Jedi oddali władzę w ręce cywilów i już nigdy nie mieli po nią sięgnąć. O Sitach przestano myśleć jak o zagrożeniu, co było dokładnie tym, czego chciał Darth Bane. Wprowadził on Regułę Dwóch i zmienił zasady prowadzenia wojny przeciwko Galaktyce. Nowe Wojny Sithyjskie nauczyły Sithów, że ich siła leży gdzie indziej. Nie w brutalnej sile wielotysięcznych armii, lecz w intrygach i potędze Mocy.
Wojna Tysiącletnia zakończyła się diametralnymi zmianami dla obydwu stron konfliktu. Sithowie przestali dążyć do stworzenia własnego imperium i pokonania Republiki. Zrozumieli, że dużo lepszym sposobem jest przejęcie władzy w istniejących strukturach niż tworzenie nowych. Bane zapoczątkował linię Sithów, która trwała nieprzerwanie przez następne tysiąc lat, do momentu zdrady Dartha Vadera. Kolejną wojną, która zaangażowała cała Republikę, nie był już konflikt Jedi vs Sith, ale toczony przez dwie strony, które, manipulowane przez Dartha Sidiousa, doprowadziły do przejęcia przez niego władzy nad większością obszarów znanej Galaktyki.