Gdy około 40 ABY Lumiya i jej sprzymierzeńcy zostali pokonani, Galaktyka po raz kolejny uwierzyła, że zagrożenie ze strony Sithów zostało ostatecznie zażegnane. Na szczęście – lub niestety, w zależności od punktu widzenia – Galaktyka była w błędzie. Sithowie nie tylko nie zostali wyeliminowani, ale blisko od dekady przygotowywali się do następnego ataku. Na Korribanie, pod przewodnictwem Dartha Krayta, zbierali informacje, siły i budowali plan przywrócenia porządku, jaki panował za czasów Imperatora. Imperium Sithów miało się odrodzić ponownie, co prawda będzie to trwać bez mała sto lat, ale cnota cierpliwości tym razem miała się okazać bardzo owocna.
Przyjrzyjmy się zatem historii Nowego Zakonu Sithów. Wszystko zaczęło się od Jedi, jednego z generałów podczas Wojen Klonów, jednego z tych, którzy widzieli jak zwycięstwo Republiki stało się końcem Zakonu, jednego z tych, którzy przetrwali rozkaz 66. A’Sharad Hett, bo o nim mowa, wrócił na ojczyste Tatooine, by stanąć raz jeszcze na czele Tuskenów i odebrać bezprawnie zabrane im ziemie. Ciąg sukcesów, jakie początkowo odnosił, został przerwany przez nikogo innego jak Obi-Wana Kenobiego, którego Hett uważał za martwego. Różnice poglądów między obydwoma panami były do tego stopnia poważne, iż zostały rozstrzygnięte za pomocą mieczy świetlnych. Tusken okazał się gorszym szermierzem i w wyniku odniesionej porażki nie tylko stracił rękę, ale musiał opuścić swój lud.
Droga łowcy nagród, jaką potem obrał, doprowadziła go na Korriban, gdzie natknął się – nie bez interwencji Mocy – na ducha starożytnej Sith, Lady XoXaan, która za pomocą swojego holokronu uczyła A’Sharada technik sithyjskich. Na początku wydawało mu się, iż tylko „udaje” przejście na Ciemną Stronę, by zdobyć nowe umiejętności, które pomogą mu dokonać zemsty na Vaderze i Imperatorze. Po raz kolejny jednak czynniki zewnętrzne stanęły na drodze do realizacji założonych planów. Tym razem przyjęły one postać Yuuzhan Vongów, którzy pojmali Hetta. W czasie swojej niewoli był poddawany nieustającym torturom oraz licznym eksperymentom, a jednym z nich było zastąpienie protezy dłoni organicznym implantem. Właściwie można powiedzieć, iż nowy Mroczny Lord Sithów narodził się na okręcie zwiadowczym pozagalaktycznych najeźdźców. Okazało się bowiem, iż nie jest jedynym Jedi (za takiego się jeszcze wtedy uważał) na pokładzie tego statku. Spotkał tam Vergere, której słowa ukazały mu Galaktykę jako twór słaby i podzielony, potrzebujący jednej, silnej woli, która przywróci porządek, ład i pokój. Za jej namową, pogrążony w agonalnym bólu, otworzył się na Ciemną Stronę, a ta sprowadziła na niego wizję nowego Zakonu Sithów. A’Sharad Hett, pozbawiony wątpliwości, co do tego kim jest i co powinien zrobić, zbiegł swoim prześladowcom (niszcząc okręt, na którym go więziono) i udał się na Korriban.
Tam, przyjąwszy imię Darth Krayt i rozpoczął tworzenie nowej organizacji, której celem była Galaktyka zjednoczona pod władzą Sithów. Zdecydowanie odrzucił on Regułę Dwóch, zastąpiwszy ją nową doktryną, Regułą Jednego – jednego Zakonu Sithów, posiadającego wielu członków, lojalnych tylko wobec swojego władcy i jego wizji. Lumiya odrzuciła propozycję przyłączenia się do niego, nad czym nie ubolewał, więcej nawet, cieszył się, iż ona i Darth Caedus zagwarantowali, iż wszyscy skupili swoje wysiłki na pokonaniu tej dwójki, nie podejrzewając nawet istnienia dużo większego zagrożenia.
Rozpoczął się długi proces tworzenia nowego imperium. Początkowo było tylko kilku uczniów, wśród nich ten, który został obdarzony największym zaufaniem i, przyjąwszy imię Dartha Wyyrloka, został doradcą i wykonawcą woli głowy zakonu. Rekrutacja przebiegała wolno, głównie dlatego, iż nie chciano ujawniać obecności Sithów. Zaniechano więc prób kontaktowania się z uczniami Luke’a Skywalkera. Skupiono się na poszukiwaniu dzieci czułych na Moc, by móc je kształtować zgodnie z potrzebami Zakonu. Doprowadzało to do sytuacji, gdzie takowe „nabytki” były odbierane rodzicom, często po ich wcześniejszej likwidacji. Nie był to jednak pierwszy raz, gdzie cel Sithów uświęcał stosowane przez nich środki, szczególnie, iż tym razem ich oddanie sprawie było bardziej fanatyczne niż kiedykolwiek przedtem.
W momencie, gdy Darth Krayt miał pod swoim rozkazami około trzydziestu członków, pojawiła się pierwsza okazja, by wcielić plany w życie. Jednakże zdrowy rozsądek i chłodna kalkulacja uświadomiły mu, że nie dysponuje wystarczającą siłą, by zagrozić Sojuszowi Galaktycznemu, o Jedi nawet nie wspominając. Jego imperium potrzebowało czasu, by się dostatecznie wzmocnić, i odpowiedniej okazji, by pokonać swoich wrogów. Problem polegał na tym, iż sam Mroczny Lord nie miał czasu. Był już w sędziwym wieku, a jego ciało konsumowały pasożytnicze implanty Vongów. Nie mając innego wyjścia, Darth Krayt pogrążył się w transie medytacyjnym, zostawiając przywództwo w rękach zaufanego Dartha Wyyrloka, nakazując obudzenie się w chwili, kiedy jego Imperium będzie gotowe do przejęcia władzy w Galaktyce.
Taki czas nie nadszedł za czasów ani Lorda Wyrrloka pierwszego, ani jego następcy – dopiero trzeci w linii doradców Krayta przebudził go z transu, by mógł przejąć władzę i poprowadzić Sithów do długo oczekiwanej realizacji ich wizji. Nowe Imperium liczyło teraz tysiące fanatycznych członków, w pełni lojalnych swojemu Lordowi i oddanych sprawie. Na Korriban funkcjonowała akademia szkoląca coraz to nowych absolwentów o różnych specjalizacjach i umiejętnościach. Darth Krayt miał teraz odpowiednią armię, by uderzyć w Galaktykę zniszczoną wojną z Vongami.
Nie chciał, a właściwie nie musiał wypowiadać wojny absolutnej skierowanej przeciwko wszystkim. Podstępem, sabotażem oraz przymierzem z niektórymi członkami Rady Moffów – szczególnie tymi, którzy widzieli siebie w roli przyszłych imperatorów – doprowadził do wojny między Imperium a Sojuszem Galaktycznym. Skazał również na śmierć miliony istnień sabotując Projekt Ossus, który miał wykorzystać technologię Yuzzhan do odnowy zniszczonych planet. Zamiast tego, nowa technologia zamieniała ludzi (i nie tylko) w yuuzhańskie hybrydy.
Po ostatecznej rozprawie z Jedi w czasie Masakry na Ossus nic już nie stało na przeszkodzie, aby Krayt sięgnął po władzę absolutną. Nie wszystko jednak poszło po jego myśli, gdyż Roan Fell przeżył zamach stanu i stał się oprócz pozostałości sojuszu drugą co do wielkości siłą, z którą Sithowie musieli się liczyć. Mimo tego po raz kolejny w historii Galaktyki Imperium Galaktyczne i Sithowie mieli tego samego przywódcę.
Przez następne siedem lat Mrocznemu Lordowi nie udało się odnieść ostatecznego zwycięstwa. Nie tylko nie był w stanie zaatakować Roana Fela, który ufortyfikował się na Bastionie, ale nie zdołał również zlikwidować pozostałych przy życiu Jedi, ani schwytać czy zabić generała Stazi, stojącego na czele resztek sojuszu. Największym problemem było jednak zdrowie Krayta, któremu zagrażały pasożytnicze implanty Vongów. Wiedział, że jest w stanie je powstrzymywać maksymalnie przez następne dwadzieścia lat. Rozwiązanie pojawiło się w postaci Cade’a Skywalkera i jego zdolności leczenia. Rozpoczęło się polowanie, które ostatecznie zakończyło się sukcesem, jednak potomkowi Vadera udało się zbiec.
Ważnym wydarzeniem była utrata prototypu nowego niszczyciela gwiezdnego z doków Mon Calamari na rzecz generała Staziego (który po prostu go ukradł). Krayt oszalał z wściekłości. Rozkazał eksterminację 10% ludności planety, a pozostali zostali zesłani do obozów pracy. Rodacy Ackbara nie pozostali bezbronni, przeprowadzając szereg partyzanckich akcji, niemniej jednak ponosili duże straty.
Dążenia Hetta do konsolidacji władzy zostały przerwane przez coś, co, jak się okazuje, jest nieodłącznym elementem wewnętrznej polityki Sithów – zdradę. Cade Skywalker razem ze starożytną Jedi Celeste Morne wciągnęli Dartha Krayta w pułapkę.
Wszystkie pionki zostały ustawione, a planszą stała się planeta Had Abbadon. Rozgrywka przebiegła bardzo szybko. Podczas walki Darth Krayt został przebity mieczem, potraktowany Błyskawicami Mocy i zrzucony z klifu. Wcześniej jednak Muur pokazał mu sposób, w jaki może się pozbyć pasożytniczych implantów ze swojego ciała. Poważnie rannego Sitha odnalazł Darth Wyyrlok. Okazało się jednak, że jego lojalność ma swoje granice. Jego zdaniem, aby wizja Mrocznego Lorda mogła się ziścić, on sam musi zginąć. Z tym słowami na ustach poraził on śmiertelnie swojego pana Błyskawicami Mocy.
Ciało Mrocznego Lorda zostało ukryte w grobowcu na Korribanie, a oficjalna wersja przestawiona reszcie Sithów głosiła, że Darth Krayt musiał pogrążyć się w transie ze względów zdrowotnych, a Darth Wyyrlok i tylko on będzie się z nim kontaktował w celu uzyskania dalszych rozkazów. Jednakże machinacje nowego przywódcy wyszły na jaw, gdy jeden z jego sług odkrył, iż komora medytacyjna jest pusta, a została w niej tylko zbroja.
Historia kończy się w momencie, gdy Wyyrlok mianuje się nowym Imperatorem, a Darth Nihl i Talon odnajdują żywego i wolnego od yuzzhańskich implantów Dartha Krayta, który pokazuje im swoją nową armię. Nie jest to zwykła armia. Składa się ona z nowych Szturmowców Sithów, silnych w Mocy i całkowicie lojalnych względem Mrocznego Lorda (są w stanie odebrać sobie życie na jego rozkaz). Są w niej nowe myśliwce, z którymi wspomniani żołnierze są w stanie się zespolić w Mocy, tworząc duet, jakiego jeszcze gwiezdne bitwy nie widziały.
Co więc będzie dalej? Wystarczy spojrzeć na następny tytuł serii Legacy. WOJNA.